La chiesa, secondo un’antica tradizione, fu edificata nel 1124 con il titolo di SS. Eufrasia e Barbara dal Cardinale Cristofano Malcondime. Fu di patronato della famiglia Griffi e poi dei San Casciani; nel 1691 passò sotto la giurisdizione della conventuale dell’Ordine di S. Stefano. Restauri sono ricordati ai primi del secolo XVII e nel 1717, quando l’edificio passò ai Teresiani Scalzi dell’Ordine Carmelitano, i quali provvidero ad abbellirla ed ingrandirla. Nel 1720 furono creati gli altari laterali e nello stesso periodo furono realizzate le decorazioni in stucco. I lavori si conclusero nel 1730 e in quell’anno la chiesa fu riaperta al culto. Nel 1810 l’edificio passò alla Compagnia delle Sacre Stimmate di S.Francesco. L’edificio fu restaurato nel 1888 grazie alle cure del rettore Raffaello Torrini.